Program Studi Matematika FMIPA Universitas Papua berdiri pada tanggal 15 Juli 2002 berdasarkan Surat Keputusan Menteri Pendidikan Nasional Republik Indonesia Nomor 111/O/2002. Sebagai satu-satunya program studi di bawah Jurusan Matematika dan Statistika, Prodi Matematika bertujuan menghasilkan lulusan yang profesional, mandiri, dan berdaya saing dalam ilmu matematika dan statistika. Dengan akreditasi peringkat C, prodi ini fokus pada pendidikan, penelitian, dan pengabdian masyarakat, serta menjalin kerja sama optimal dengan berbagai pihak untuk pengembangan ilmu matematika dan statistika.