Struktur organisasi Prodi Matematika FMIPA UNIPA terdiri dari Ketua Program Studi, Sekretaris Program Studi, Koordinator Bidang Akademik, dan Kepala Laboratorium. Organisasi ini didukung oleh dosen-dosen berkompeten serta staf administrasi yang profesional, berkomitmen untuk mendukung kegiatan pendidikan, penelitian, dan pengabdian masyarakat. Struktur ini bertujuan untuk menciptakan lingkungan akademik yang kondusif dan berdaya saing.