Sejarah FMIPA
Pada tahun 1988, kerjasama antara Pemerintah Indonesia dan Canadian International Development Agency (CIDA) melalui Proyek Pengembangan Perguruan Tinggi Indonesia Timur (EIUDP) dimulai, dengan tujuan meningkatkan kemampuan pembelajaran MIPA di lima Perguruan Tinggi Negeri di Indonesia Timur, termasuk UNSRAT, UNHALU, UNPATTI, UNCEN, dan UNIPA. Proyek ini mendapat dukungan dari Simon Fraser University di Kanada, serta beberapa universitas dalam negeri seperti IPB, ITB, UGM, dan UNHAS.
Kerjasama tersebut berakhir pada tahun 1998, namun dilanjutkan dengan pembentukan Forum Kerjasama Sembilan Universitas (FKSU) pada tahun 1999 untuk mendukung pembinaan Fakultas MIPA yang baru terbentuk. Pada tahun 2000, Faperta UNCEN di Manokwari menjadi Universitas Negeri Papua (UNIPA) dan UP MIPA di Kampus Manokwari menjadi Fakultas MIPA UNIPA.
UP MIPA di Kampus Manokwari awalnya merupakan unit non-struktural di Faperta Uncen yang melayani pengajaran ilmu dasar seperti Matematika, Kimia, Fisika, Biologi, dan Statistika. Pada tahun 1998, struktur UP MIPA diubah menjadi Bagian FMIPA Uncen di Manokwari, dan pada tahun 2002, Fakultas MIPA UNIPA resmi dibentuk berdasarkan SK Menteri Pendidikan Nasional Republik Indonesia.
FMIPA UNIPA mengelola empat program studi: S1 Matematika, S1 Fisika, S1 Kimia, dan S1 Biologi. Fakultas ini berkomitmen untuk menyediakan pendidikan berkualitas, penelitian terapan, dan pengabdian kepada masyarakat, khususnya dalam bidang konservasi sumber daya alam dan pertanian berkelanjutan di Papua.